Orphelin et adolescent solitaire, Natsume voit des yôkai, êtres surnaturels japonais, depuis son plus jeune âge. Son existence peu ordinaire bascule lorsque les yôkai se mettent à le traquer sans relâche et qu'il hérite d'un étrange carnet lui permettant non seulement de commander aux êtres surnaturels mais aussi d'avoir droit de vie et de mort sur eux...