Année 2060, Etats-Unis. L'école Spy high a pour mission de repérer de jeunes adolescents talentueux et de les former à l'espionnage pour qu'ils protègent un monde devenu de plus en plus chaotique et dangereux. Les nouvelles recrues forment un groupe très disparate et les conflits se multiplient entre les 6 adolescents. Leur première mission sera décisive car ils mourront s'ils échouent.