Dans le pays de Clow, vivent Sakura et Shaolan qui s'aiment secrètement. Shaolan, simple citoyen, vit au sein de la famille royale depuis que son père archéologue est mort. Il reprend le travail de son père en explorant les ruines du pays de Clow. Un soir les deux amis découvrent un étrange blason et subissent un attaque ennemie. Une force mystérieuse fait perdre la mémoire à Sakura et les plumesqui matérialisent son âme se dispersent ... Pour la sauver Shaolan doit voyager de dimension en dimension pour retrouver les fragments de mémoire de Sakura...